Gunzenhausen liegt in der Region Westmittelfranken, inmitten des Fränkischen Seenlandes südöstlich des Altmühlsees. Auch ist Gunzenhausen wichtiger Verkehrsknotenpunkt für Radfahrer: der Altmühlradweg bis Kelheim an der Donau verläuft ebenso durch die Stadt wie der Altmühltal-Panoramaweg, ebenfalls bis Kelheim. Der deutsche Limes-Radweg folgt nach Regensburg und der Limes-Wanderweg führt über 115 Kilometer nach Bad Gögging.